Wenn das Transferverzeichnis vollständig wäre, müssten dort genauso viele Dateien drinnen liegen, wie Anwendungen in der r3-Instanz installiert sind (s. Adminpanel -> Anwendungen). Da mindestens eine fehlt (201c0f91-561c-466c-a121-ff1532264565), ist das wahrscheinlich nicht der Fall.
Kann es sein, dass du auf Docker läufst? Das Problem habe in solchen Instanzen schon mal gesehen, da die Kollegen das Verzeichnis bei jedem Start neu erstellt haben. Ansonsten muss es einen anderen Grund geben, warum die Dateien dort verschwunden sind (Serverumzug, Dateien aus versehen gelöscht, ...).
Aber zur Lösung: Am besten stellst du einen Stand aus einem Backup wieder her. Wenn das nicht gehen sollte, weil keine Backups existieren oder diese die Daten nicht beinhalten, müssen wir die Wiederherstellung manuell machen. Aber dafür müssten wir auf deine Maschine schauen.